針對我國傳統發酵食品及健康人群腸道中存在的優良益生菌，通過高效篩選模型和功能評價體系建立益生菌菌種資源庫，并獲得具有優良性狀的專利菌株20余株，益生功能涉及抑制致病菌、抗氧化、緩解氧化損傷、調節免疫等等。同時對功能菌株進行全基因組測序和性狀解析，分析菌株的環境脅迫機制、生長限制因子、以及糖代謝途徑，實現菌株在工業化生產中的高效應用。本項目所涉技術已在光明乳業、南京衛崗乳業有限公司、揚州市揚大康源乳業有限公司等推廣應用，其中植物乳桿菌ST-III是我國第一株具有自主知識產權并進入大規模工業化生產的益生菌菌株，光明乳業已推出ST-III植物性乳酸菌飲料。